La Ley contemplaba también la creación de una Comisión de Gestión Técnica de la que formarían parte tres representantes de cada una de las dos Confederaciones Hidrográficas afectadas y dos representantes de los usuarios de ambas cuencas.
Tras la transferencia de la gestión de la mayor parte de la cuenca del Guadalquivir a la comunidad autónoma andaluza, el 21 de enero 2010 quedó constituida la nueva Comisión de Explotación del trasvase Negratín- Almanzora, que ha pasado a ser adscrita a la Agencia Andaluza del Agua y presidida por el Director Gerente de ese organismo.
El Real Decreto Ley 9/1998 por el que se aprueban y declaran de interés general determinadas obras hidráulicas declaró de interés general las obras de la conexión entre el embalse de Negratín, en la provincia de Jaén, y el de Cuevas de Almanzora, en la de Almería, con el objetivo de garantizar el suministro para las necesidades de la provincia de Almería, tanto para abastecimiento como para riegos.
La Ley 55/1999 de 29 de diciembre de Medidas Fiscales, Administrativas y del Orden Social, en su disposición adicional vigésima segunda, de acuerdo con lo previsto con el mencionado Real Decreto Ley, autorizó la transferencia de aguas desde el embalse del Negratín, en la Cuenca Hidrográfica del Guadalquivir (hoy Distrito Hidrográfico Guadalquivir), al de Cuevas de Almanzora, en la Cuenca Hidrográfica del Sur (hoy Distrito Hidrográfico Mediterráneo), sujeta a las siguientes condiciones:
Sólo se podrá transferir el volúmen de agua embalsado que exceda de 210 hm3 dada la cota de la toma correspondiente y la necesidad de su correcto funcionamiento.
Sólo se podrá transferir recursos cuando el volumen embalsado en el sistema de regulación general, al que pertenece el Negratín, supere un mínimo del 30 % de la capacidad de embalse de dicho sistema.
El volumen anual transferido no será superior a 50 hm3.
Volúmenes trasvasados
Desde la puesta en funcionamiento de las infraestructuras para el trasvase de los recursos, se han cedido desde la Cuenca del Guadalquivir un total de 217 Hm3. Un 70,8% (154 Hm3) corresponde a la concesión del trasvase, y el resto a diversas cesiones de derechos de agua realizadas por titulares de derechos de la Cuenca del Guadalquivir y hechos efectivos a través del trasvase.
Volúmenes trasvasados desde 2004 (m3/año)
AÑOS 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 Totales
Concesión Trasvase 29.840.793 39.602.400 19.250.000 12.000.000 12.212.620 41.009.229 48.319.693 202.234.735
Finca Sevilla – – 12.000.000 7.500.000 5.511.368 – – 25.011.368
Comprada a C.R. Guadalqluivir – – – 18.798.567 18.035.572 – – 36.834.139
Comprada a C.R. Almanzora – – 295.000 515.648 834.150 – – 1.644.798
Totales 29.840.793 39.602.400 31.545.000 38.814.215 36.593.710 41.009.229 48.319.693 265.725.040
Fuente: Aguas de Almanzora S.A. y Consejería de Medio Ambiente