Maga de secuenciación genómica de Covid-19 en Andalucía.
El trabajo del sistema sanitario público de Andalucía ha logrado posicionar a la comunidad autónoma a la cabeza de la secuenciación genómica del coronavirus a nivel nacional. Actualmente, se han secuenciado 13.880 muestras de coronavirus, lo que supone el 59,3% de lo que se ha secuenciado en todo el país, según datos del proyecto SeqCovid.
El análisis genómico de las muestras de pacientes que han padecido Covid-19 permite conocer mejor la enfermedad y su comportamiento con el objetivo de poder ofrecer alternativas terapéuticas eficaces. Además, gracias a la secuenciación genómica, se puede realizar un estudio filogenético del virus, mostrando las mutaciones que experimenta a lo largo del tiempo, sus características y sus posibles relaciones con variantes de otros países o localidades, lo que facilita detectar las introducciones de virus y las cadenas de transmisión. Los resultados de la progresión de este estudio están disponibles públicamente en la página web: https://www.clinbioinfosspa.es/COVID_circuit/.
Este trabajo es posible gracias a un circuito estable y bien estructurado puesto en marcha por la Consejería de Salud y Familias, a través de la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, con el soporte del Servicio Andaluz de Salud, que permite la identificación y el análisis de las muestras de los pacientes. Este circuito se enmarca en la integración de la secuenciación genómica del SARS CoV-2 en las tareas de vigilancia realizadas por el Sistema de vigilancia epidemiológica de Andalucía. Se trata de una red colaborativa para el control epidemiológico de la pandemia que permite conocer cómo se ha transmitido el coronavirus en Andalucía desde los inicios, cuáles han sido las zonas con un mayor índice de contagio y también cómo han influido las medidas sanitarias que se han ido implantado, entre otros aspectos.
Así, los genomas se han secuenciado los dos hospitales de referencia designados para ello: el Hospital Virgen del Rocío de Sevilla, para secuenciar las muestras que proceden de centros hospitalarios y de Atención Primaria de la zona occidental de Andalucía (las provincias de Cádiz, Córdoba, Huelva y Sevilla); y el Hospital San Cecilio de Granada, para las que proceden de la zona oriental (Almería, Granada, Jaén y Málaga). La información obtenida ha sido analizada en el Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud, en donde se interpreta y se configura un mapa epidemiológico del virus. Estos trabajos han sido impulsados por la Secretaría General de I+D+i en Salud.
Secuenciar el genoma del virus «es como leer el libro de instrucciones para descifrar su funcionamiento», explica Joaquín Dopazo, director del Área de Bioinformática Clínica. «Esto permite comparar cada libro de instrucciones y ver semejanzas y diferencias entre ellos que se pueden relacionar con su mayor o menor transmisibilidad o incluso con diferentes sintomatologías de los pacientes», señala.
Un circuito estable y coordinado
Hasta llegar a los dos centros de referencia, tanto los profesionales de Microbiología como los clínicos de los hospitales y de los centros de atención primaria son eslabones de la cadena que trabajan de forma coordinada con el Sistema de vigilancia epidemiológica de Andalucía, integrado por los profesionales de salud pública de los distritos y hospitales, Epidemiología de las delegaciones territoriales provinciales y el Servicio de vigilancia y salud laboral de la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica. Al final de esta cadena, el último eslabón es el Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud, donde sus profesionales analizan los datos obtenidos de la secuenciación, reportan a los centros de referencia los resultados para que estos informen al Ministerio de Sanidad de los hallazgos en la comunidad andaluza y los incorporan a las herramientas bioinformáticas para su interpretación más detallada.
El mapa de la enfermedad de Covid-19
Los profesionales del Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud han participado recientemente en la actualización del mapa de la enfermedad Covid-19, un proyecto impulsado por la comunidad Disease Maps, una red internacional que reúne a investigadores de todo el mundo para definir y crear los mapas de las enfermedades. Hasta 162 expertos de 25 países han participado en la elaboración de este mapa que acaba de incorporar las últimas novedades y ha sido objeto de una publicación en la revista Molecular Systems Biology, del grupo editorial internacional EMBO (https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/msb.202110387).
Los investigadores andaluces han contribuido notablemente a este trabajo definiendo los mecanismos por los que se desencadena la sintomatología hasta ahora conocida, como la inflamación y respuesta inmune exacerbada, la presión sanguínea pulmonar, la degradación de la hemoglobina, etc. El mapa de Covid-19 es una representación gráfica e interactiva de los mecanismos moleculares relevantes para la enfermedad que vinculan varias fuentes de conocimiento.
